CFB413-Introdução à Mod Dinam MoleculModelagem computacional. Relações entre estrutura, dinâmica e função de macromoléculas biológicas. Aspectos físico-químicos da água em meio biológico e efeito hidrofóbico. Conformação e enovelamento de proteínas. Conceitos de Línux. Construção de modelos moleculares. Bases teóricas das interações intra e inter-moleculares e o campo de força. Potenciais harmônicos e potencial de torção. Interação de Van der Waals e potencial de Lennard-Jones. Tratamentos das interações eletrostáticas. Métodos para otimização de geometria. Algoritmos para minimização de energia. Equações de movimento para sistemas atômicos. Algoritmo de Verlet. Algoritmo Leapfrog. Simulação explícita do solvente. Condições periódicas de contorno. Dinâmica de proteínas. Banho térmico e pressórico. Movimentos em curta escala de tempo. Movimentos em larga escala de tempo. Transições estruturais locais e mudanças estruturais globais. Dinâmica da associação molecular. Cálculo da variação da energia livre de ligação. Planejamento computacional de fármacos. Simulações, análises estruturais e dinâmicas com os programas PyMol, Visual Molecular Dynamics ? VMD e GROMACS. 

___ BIBLIOGRAFIA BÁSICA ___ 
1) Métodos de Química Teórica E Modelagem Molecular, Nelson H. Morgon, Kaline Coutinho, editora Livraria da Física, 1a edição, 2007. 
2) ABC da Simulação Computacional - Bismarck Vaz da Costa e José Pedro Rino, Livraria da Física, 1a edição, 2013. 

___ BIBLIOGRAFIA COMPLEMENTAR ___ 
1) Princípios de Bioquímica ? Michel M. Cox & Albert L. Lehninger; Omega, 6a edição, 2014. 
2) Understanding Molecular Simulation ? From Algorithms to Aplications, Frenkel D. & Smit B., Academic Press, 2002. 
3) Computer Simulation of Liquids, Allen M. P. & Tildesley D. J., Clarendon Press, Oxford, 1987. 
4) Molecular Dynamics Simulation of Statistical Mechanical Systems, Ciccotti G. & Hoover W. G., North-Holland Physics Publ, 1986. 
5) Dynamics of Proteins and Nucleic Acids, McCammon J. A. & Harvey S. C., Cambridge University Press, 1977. 
6) The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.8 Schrödinger, LLC. (www.pymol.org).  
7) VMD: Visual molecular Dynamics, HumUMPHREY, W.; DALKE, A.; SCHULTEN, K. Journal of Molecular Graphics, v. 14, n. 1, p. 33-38, 1996. ISSN 0263-7855.  
8) GROMACS: fast, flexible, and free. VAN DER SPOEL, D. et al. Journal of Computational Chemistry, v. 26, n. 16, p. 1701-1718, 2005. ISSN 0192-8651.

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